余有丁壬戌科申时行榜探花，此科座主袁炜，靠写青词入相，所取一甲申时行、王锡爵、余有丁皆在翰林供职，每有应酬文字或皇上所派撰事玄诸醮章，以至翰林馆中重要文章，都要叫这三位门生到他的私宅，代他属草，稍有不如意，先是厉声呵叱，继而恶语相向。余有丁本与袁炜同郡，一次袁炜竟大骂道:你怎么得名“有丁”，当呼为“余白丁”。其傲慢无礼到了如此之地步。有时入直西苑，为皇上准备笔札，袁炜竟将房门反锁而去，屋内连饭食酒菜也不备，三个人从早至晚都饿着肚子，每每以菜色而归。
万历元年（1573），余有丁升为左春坊左庶子，掌南京翰林院事。万历二年（1574），升为南京国子监祭酒，后又任礼部、吏部侍郎。万历十年（1582）六月，张居正重病不起，举荐余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士，参预机务。九月，晋太子太保。当时首辅张四维回家守孝，状元申时行出任首辅，余有丁与同榜榜眼王锡爵同居内阁，他们三人同舟共济，相无嫌猜。在明朝二百多年以来，一甲同为内阁，惟壬戌一科而已。
余有丁生平性阔，尤喜宾客，不设城府。及卒，神宗震悼，辍朝，遣文书官刘恺前往视丧，赐银币、米、烛、柴、炭等物，予祭九坛，又派朝中官员护丧归葬。谥文敏。